مرحله دیگری که در تصفیه آب استخر انجام می شود، استفاده از مواد شیمیایی تصفیه کننده است. این مواد شیمیایی شامل کلر، برومین، ازن و یا هیدروژن پراکسید است. این مواد به آب استخر اضافه می شوند تا میکروب ها و آلودگی های شیمیایی را از بین ببرند و آب را ضد عفونی کنند.
در نهایت، برای حفظ کیفیت آب استخر، میزان pH و ترازمندی آب نیز باید منظماً کنترل شود. pH باید در محدوده ۷٫۲ تا ۷٫۶ و ترازمندی نیز باید در محدوده ۱ تا ۳ پارت بر میلیون (ppm) باشد. برای این منظور از محصولات شیمیایی مانند pH مینوس یا پلاس و مواد ترازمندی استفاده می شود.